Fabrizio Gatti diventa giornalista e comincia nel 1991 ad occuparsi di temi relativi alla criminalità. Lavora per il Corriere della Sera e, dal 2004, per L'espresso. Nel 2006 è vincitore del premio Colombe d'Oro per la Pace, premio assegnato annualmente dall'Archivio disarmo ad una personalità distintasi in campo internazionale. Il 5 gennaio 2007 riceve il Premio Giuseppe Fava per le sue inchieste sui clandestini di Lampedusa e sugli sfruttati nei campi di Puglia dal titolo Io schiavo di Puglia. Il 16 aprile 2007 per la stessa inchiesta riceve, a Bruxelles, il premio giornalistico 2006 dell'Unione Europea (Journalist Award 2006). Il 17 maggio 2008 a Udine riceve il premio letterario internazionale Tiziano Terzani per il libro Bilal - il mio viaggio da infiltrato nel mercato dei nuovi schiavi. Tra le sue inchieste più celebri si ricordano quelle sul problema della sicurezza nelle metropolitane e sui mezzi pubblici di Milano (ATM), sul trattamento subito dai rifugiati kossovari che cercavano di varcare il confine svizzero sulle condizioni di vita nel centri di permanenza temporanea di Lampedusa sulle situazioni del Policlinico "Umberto I" a Roma. Il 9 ottobre 2009 il settimanale L'espresso pubblica online nel suo sito il servizio L'amico Isaias sui rapporti economici tra Italia ed Eritrea: nel silenzio dei media la dittatura di Isaias Afewerki, che dal 1993 ha vietato la libertà di stampa, fa affari d'oro con tante imprese italiane sfruttando la schiavitù, le torture e i genocidi del popolo eritreo. Fabrizio Gatti ha scritto tre libri: Viki che voleva andare a scuola. La storia vera di un bambino albanese in Italia (Fabbri, 2003), Bilal. Il mio viaggio da infiltrato nel mercato dei nuovi schiavi (Rizzoli, 2007) e L'eco della frottola. Il lungo viaggio di una piccola notizia sbagliata (Rizzoli, 2010).